Pemerintahan Desa Nakau dipimpin oleh seorang Kepala Desa
Tugas Administratif Kepala Desa dibantu oleh Sekretaris Desa yang membawahi 3 (tiga) orang Kepala Urusan yaitu :
- Kepala Urusan Perencanaan
- Kepala Urusan Keuangan
- Kepala Urusan Tata Usaha Umum
Untuk Tugas Teknis Kepala Desa dibantu oleh 3 (tiga) orang Kepala Seksi yaitu :
- Kepala Seksi Pemerintahan
- Kepala Seksi Kesejahteraan
- Kepala Seksi Pelayanan
Untuk Tugas Kewilayahan Kepala Desa dibantu 4 (empat) orang Kepala Dusun :
- Kepala Dusun 1
- Kepala Dusun 2
- Kepala Dusun 3
- Kepala Dusun 4